В рамках мероприятий по ликвидации последствий аварии завершается разбор завалов, демонтаж и вывоз оборудования, вышедшего из строя.
В настоящее время идет разбор завалов в районе ГА 2, в зоне, разрешенной СКП. Продолжаются работы по расчистке завалов на отметках 327-310. Полностью очищены от завалов ГА № 1,3,4,5,6,10. Вывоз металлолома и разрушенных бетонных конструкций производится через проем в стене правого берега машинного зала. Всего с начала ликвидации последствий аварии из машинного зала станции вывезено около 10 000 м3 мусора.
Производится демонтаж оборудования на ГА 7. Принято решение по демонтажу перекрытия ГА 9, продолжается вывоз демонтированных блоков.
Аварийно-восстановительные работы идут круглосуточно. На станции организована посменная работа, ежедневно подаются списки персонала о распределении в рабочих сменах. Работники обеспечены питанием. Круглосуточно работает оперативный штаб для координации действий и решения текущих вопросов.
В рамках ремонтно-восстановительный работ завершена установка стеновых панелей шатра со стороны верхнего бьефа, идет монтаж и установка каркаса машинного зала со стороны нижнего бьефа и потолочных панелей. Восстановление шатра и теплового контура машинного зала гидроэлектростанции планируется завершить до наступления холодов.
Восстановлена колонна у второго гидроагрегата, выполнена рихтовка рельсовых путей со стороны нижнего и верхнего бьефов. Теперь полукозловой кран Саяно-Шушенской ГЭС имеет возможность перемещать грузы по машинному залу, за исключением участка в районе колонны  гидроагрегата  №2. По этому участку подкрановых путей  остались ограничения, снять которые планируется в ближайшее время
В настоящий момент закончено остекление неповрежденных конструкций машинного зала. Полностью смонтировано и введено в работу  освещение машинного зала и монтажной площадки на отметках с 305,75 по 333.  Обеспечена вентиляция машинного зала по временной схеме. Ведутся работы по восстановлению кабельной сети и телефонизации  машинного зала.
Выполнены основные работы по очистке и первичной дефектации оборудования гидроагрегатов № 5, 6, которые наименее пострадали в результате аварии. В настоящее время ведутся работы по ремонту основных узлов, систем гидрогенераторов и гидротурбины, производится ревизия вспомогательного оборудования. В ближайшее время предполагается осуществить сборку турбинного подшипника и подпятника гидроагрегата №6. В минувшие выходные на станцию прибыл тягач с элегазовым выключателем типа НЕС-8, предназначенным для ввода в действие 6 гидроагрегата. Технологический пуск шестого гидроагрегата на холостом ходу планируется в ноябре 2009 года для восстановления изоляции генератора.
В соответствие с графиками идет восстановление общестанционных систем. Введены насосные станции, системы  горячего водоснабжения и отопления обоих административных корпусов. Восстановлена система дымоудаления в блоке монтажной площадки.
Продолжается обследование оборудования и строительных конструкций для определения объема строительных работ, а также обследование гидротехнических сооружений СШ ГЭС:  тела плотины,  потерны водораздельного устоя. Уровень воды в галереях здания ГЭС поддерживают 10 штатных дренажных насосов. Отсасывающие трубы ГА2, ГА5, ГА6 откачиваются штатными артезианскими насосами. Откачку дренажных  вод потерны водобойного колодца производят два погружных насоса.
В ликвидации последствий аварии на Саяно-Шушенской ГЭС по состоянию на 06 октября 2009 г. принимают участие 1576 человек. Среди них сотрудники Саяно-Шушенской ГЭС,  филиалов и  ДЗО ОАО «РусГидро», а также специалисты 15 сторонних организаций общестроительного и энергетического направлений из разных регионов РФ.